Les infections à hémosporidies chez les poulets domestiques (Gallus gallus domesticus) sont non seulement largement répandues, mais causent également des pertes économiques. Le diagnostic est généralement fait par examen microscopique; Cependant, la méthode présente plusieurs inconvénients, tels que la nécessité d’avoir recours à un microscopiste expérimenté, le manque de fiabilité lorsque la parasitémie est faible et l’impossibilité de différencier avec précision les co-infections provenant de plusieurs espèces de parasites. Par conséquent, l’étendue actuelle des infections à hémosporidies pourrait être sous-estimée et négligée. Nous avons développé un nouveau check PCR multiplex pour simultanémentdétecter et différencier quatre parasites hémosporidiens : Leucocytozoon caulleryi, Leucocytozoon sabrazesi, Plasmodium juxtanucleare et Plasmodium gallinaceum. Les amorces de la présente étude ont spécifiquement amplifié les cibles correspondantes sans qu’aucune amplification interspécifique n’ait été détectée.
La PCR multiplex a montré un taux de détection significativement plus élevé par rapport à l’examen microscopique (p = 0,0001) . Les résultats démontrent que le taux de détection de la PCR multiplex pour L. sabrazesi, P. juxtanucleare et P. gallinaceum est supérieur à celui de l’examen microscopique avec p = 0,002, 0,0001 et 0,004, respectivement. Les co-infections ont également été détectées plus efficacement par PCR multiplex. Nous avons appliqué la méthode actuelle à des échantillons de terrain provenant des provinces de Nan, Prachinburi et Chachoengsao. La présente étude a révélé que les taux positifs de parasites hémosporidiens chez les poulets dans les trois websites d’étude allaient de 39,5 % à 93,8 %. Le présent check offre une possibility permettant de gagner du temps pour le diagnostic moléculaire au lieu d’ utiliser des PCR singleplex pour détecterles parasites individuellement. Au sein d’une seule réaction, ce check serait un outil utile pour la détection des parasites hémosporidies aviaires, soit seuls soit dans des circumstances de co-infection et pour des études épidémiologiques à grande échelle.
Le confinement des infections pandémiques dépend principalement de l’identification rapide des porteurs, réalisable grâce à une surveillance stricte et à des exams de diagnostic véridiques. Bien que l’identification moléculaire du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) soit la méthode de référence, sa faible sensibilité et son lengthy délai d’exécution sont parmi les principales préoccupations. Dans cette étude rétrospective monocentrique, nous avons examiné les résultats de la numération des lymphocytes et des neutrophiles de 1450 sufferers iraniens atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) recrutés à l’hôpital Baqiyatallah, à Téhéran, en Iran. Sur 1450 sufferers, 439 cas (30,3%) étaient négatifs pour la réaction en chaîne par polymérase (PCR); soulignant en outre que l’obtention d’un check moléculaire négatif n’est pas aussi fiable qu’un résultat positif. Alors que le nombre de lymphocytes dans les cas de moins de 50 ans était de 1,8 × 103/µL (1,2-2,5), il était de 1,47 × 103/µL (0,84-2,16) dans le groupe plus âgé (p<0,001). De plus, les hommes présentaient moins de lymphocytes que les femmes (1,53 × 103/µL contre 1,76 × 103/µL ; p = 0,002). D’un intérêt particulier, le nombre de lymphocytes dans les cas PCR-négatifs était de 1,77 × 103/µL (0,98-2,45) qui était significativement plus élevé que son nombre dans leurs homologues positifs (1,53 × 103/µL ; p=0,004).
Contrairement aux lymphocytes, le sexe et la PCR n’affectent pas significativement le nombre de neutrophiles. L’odds ratio pour la neutrophilie chez les sufferers âgés de plus de 50 ans, avec une PCR négative ou optimistic, était de 2,46 et 2,23, suggérant la vieillesse comme facteur associé le plus significatif. Le nombre de lymphocytes ainsi que l’augmentation du nombre de neutrophiles peuvent probablement servir de biomarqueurs simples, rapides et économiques, et sont des éléments apparemment appropriés qui devraient être pris en compte dans l’identification des sufferers atteints de COVID-19, en particulier ceux âgés de plus de 50 ans.
Les exams rapides pour les infections actives du SRAS-CoV-2 reposent sur la réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse (RT-PCR). La RT-PCR utilise la transcription inverse de l’ARN en ADN complémentaire (ADNc) et l’amplification de cibles d’ ADN spécifiques (amorce et sonde) à l’aide de la réaction en chaîne par polymérase (PCR). La technologie permet une identification rapide et spécifique du virus sur la base de l’homologie de séquence de la séquence d’acide nucléique et est beaucoup plus rapide que la tradition tissulaire ou les modèles de cellules animales. Cependant, la approach peut perdre de sa sensibilité au fil du temps à mesure que le virus évolue et que les séquences cibles divergent des séquences d’amorces sélectives. Différentes séquences d’amorces ont été adoptées dans différentes régions géographiques.
Comme nous nous appuyons sur ces amorces RT-PCR existantes pour suivre et gérer la propagation du coronavirus, il est impératif de comprendre remark les mutations du SRAS-CoV-2, au fil du temps et géographiquement, divergent des amorces existantes utilisées aujourd’hui. Dans cette étude, nous analysons les performances des amorces SARS-CoV-2 utilisées aujourd’hui en mesurant le nombre de mésappariements entre la séquence d’amorces et les cibles du génome dans le temps et dans l’espace. Nous constatons qu’il y a un nombre croissant de discordances, une augmentation de 2% par mois , ainsi qu’une spécificité élevée du virus en fonction de la localisation géographique
Les exams de diagnostic pour détecter le SRAS-CoV-2 sont essentiels pour la gestion des sufferers, la prévention des infections et la réponse de santé publique au COVID-19 . L’efficacité et la fiabilité de ces exams sont d’une significance primordiale à la fois pour le suivi et le contrôle de la propagation du virus. Les exams RT-PCR en temps réel reposent sur une séquence génétique fixe pour les amorces et la liaison de la sonde. Les mutations peuvent potentiellement altérer la précision de ces exams et conduire à des caractéristiques de performances analytiques imprévisibles et à des résultats faussement négatifs. Ici, nous identifions une transversion G-à-U (nucléotide 26372)dans le gène SARS-CoV-2 E dans trois échantillons avec une efficacité de détection virale réduite à l’aide d’un check business largement disponible. Une analyse plus approfondie du référentiel public GISAID a conduit à l’identification de 18 génomes supplémentaires avec cette mutation, qui reflètent cinq événements mutationnels indépendants. Ce travail soutient l’utilisation de exams à double cible pour réduire le nombre de résultats PCR faussement négatifs.
Les progrès technologiques dans la détection des mutations rares de l’ADN ont révolutionné le diagnostic et le suivi des tumeurs, mais ils sont encore limités par le manque de procédures supersensibles et à couverture élevée pour identifier les mutations de faible abondance. Ici, nous décrivons un système PCR multiplex à tube distinctive, A-Star, qui implique un Argonaute hyperthermophile de Pyrococcus furiosus (PfAgo) pour une détection très efficace des mutations rares bénéfiques de sa compatibilité avec l’ADN polymérase. Cette nouvelle approach utilise une stratégie de conception de information spécifique pour permettre le clivage sélectif PfAgo avec une résolution d’un seul nucléotide à 94 ° C, éliminant ainsi principalement l’ ADN de sort sauvage dans l’étape de dénaturation et amplifiant efficacement l’ADN mutant uncommon pendant le processus de PCR.
Le système monotube intégré a atteint une grande efficacité pour enrichir les mutations rares par rapport à un système divisé séparant le clivage et l’amplification. Ainsi, A-Star permet une détection et une quantification faciles de 0,01 % de mutations rares avec une efficacité ≥5500 fois supérieure. La faisabilité d’A-Star a également été démontrée pour la détection de mutations oncogènes dans des tissus tumoraux solides et des échantillons de sang. Remarquablement, A-Star a réalisé la détection simultanée de plusieurs oncogènes grâce à une easy réaction à tube distinctive par clivage spécifique dirigé par un information orthogonal. Cette étude démontre un système de détection d’acide nucléique supersensible et rapide avec un potentiel prometteur pour la recherche et les purposes thérapeutiques.
