ontdekken van een nieuwe stam van  Serratia marcescens via DGGE-PCR

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ontdekken van een nieuwe stam van  Serratia marcescens via DGGE-PCR

Antimicrobiële activiteit van kamferboomzilvernanodeeltjes tegen vuilbroedziekten en het ontdekken van een nieuwe stam van  Serratia marcescens through DGGE-PCR  als secundaire infectie op honingbijlarven

La loque américaine (AFB) et la loque européenne (EFB) sont les deux principales maladies bactériennes affectant les abeilles mellifères, entraînant une diminution de la viabilité de la ruche, une diminution de la manufacturing de miel et des pertes économiques importantes pour les apiculteurs. En raison de l’inefficacité et/ou de la faible efficacité de certains antibiotiques, les recherches avec les nanotechnologies représentent, éventuellement, de nouvelles stratégies thérapeutiques. Les médicaments nanostructurés ont présenté certains avantages par rapport aux médicaments conventionnels , tels qu’une libération lente, progressive et contrôlée, une biodisponibilité accrue et des effets secondaires réduits.

Dans cette étude, différentes larves infectées ont été collectées dans deux ruchers ; les rayons présentant des symptômes de loque américaine et européenne ont été isolés. L’  activité antimicrobienne in vitro des nanoparticules d’argent de camphrier contre les maladies de la loque a été caractérisée à l’ aide de la spectrophotométrie UV-Vis et du microscope électronique à balayage (MEB) qui prouve la formation de nanoparticules d’argent d’une taille comprise entre 160 et 660 nm. L’activité antimicrobienne des nanoparticules d’argent a été testée à l’aide d’un essai de diffusion sur gélose et a prouvé leur capacité à arrêter efficacement la croissance bactérienne pathogène dans les AFB et EFB .

La approach DGGE-PCR a été appliquée pour l’identification des infections bactériennes rares des abeilles mellifères en fonction de l’amplification de l’ARNr 16S à partir de leur ADN extrait complete et a été identifiée comme  Serratia marcescens  (TES), déposée dans GenBank avec un nouveau numéro d’accession (MT240613). Les résultats ont confirmé que la souche a été détectée par l’analyse DGGE-PCR causant un couvain uniquement infecté qui a été attaqué par la loque américaine. Ces matériaux ont besoin de plus d’investigations dans des situations de terrain et d’étudier la possibilité de ses résidus dans les produits de l’ abeille tels que le miel et la cire d’abeille.

Evaluatie van de diagnostische prestaties van negen commerciële RT-PCR-kits voor de detectie van SARS-CoV-2 en Colombie

 

La pandémie de SRAS-CoV-2 en cours a conduit à la conception et au développement de plusieurs kits de RT-PCR visant à faciliter la mise à l’échelle rapide des assessments moléculaires pour un dépistage massif. Nous avons évalué les performances diagnostiques de neuf kits commerciaux, qui ont montré des performances optimales et un pouvoir discriminant élevé. Cependant, nous avons observé des différences en termes de sensibilité, de spécificité et de valeurs Ct du gène E et discutons de ces résultats à la lumière de l’affect de la variabilité génétique du SRAS-CoV-2 et de son impression potentiel dans les assessments de diagnostic moléculaire actuels. Cet article est protégé par le droit d’auteur. Tous les droits sont réservés.

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Een zeer gevoelige en specifieke sonde-gebaseerde en temps réel PCR voor de detectie van  Avibacterium paragallinarum  in klinische monsters van pluimvee

 

Avibacterium paragallinarum  (historiquement appelé  Hemophilus paragallinarum ) provoque le coryza infectieux (IC), qui est une maladie respiratoire aiguë des poulets. Récemment, des foyers d’IC ​​ont été signalés en Pennsylvanie (PA) chez des poulets de chair, des poulettes pondeuses et des poules pondeuses, causant d’importantes maladies respiratoires et des pertes de manufacturing. Un diagnostic provisoire de CI peut être posé sur la base des antécédents, des signes cliniques et des lésions macroscopiques caractéristiques. Cependant, l’isolement et l’identification de l’organisme sont nécessaires pour un diagnostic définitif. Les principaux défis du diagnostic bactériologique d’  A. paragallinarum  comprennent le fait que l’organisme est difficile à isoler, qu’il se développe lentement et qu’il ne peut être réussi qu’avec succès. isolées au stade aigu de l’an infection et les infections bactériennes secondaires sont également fréquentes.

Comme il y avait très peu de génomes entiers d’  A. paragallinarum  dans les bases de données publiques, nous avons effectué le séquençage du génome entier (WGS) des isolats de PA et basé sur l’analyse des données WGS ; nous avons conçu un nouveau check PCR basé sur une sonde ciblant une séquence hautement conservée dans le  recN , le gène de la protéine de réparation de l’ADN d’  A. paragallinarum . Le check comprend un contrôle interne, avec une limite de détection (LOD) de 3,93 copies génomiques. L’efficacité de la PCR variait entre 90 et 97 % et la sensibilité diagnostique de 98,5 % par rapport à la PCR conventionnelle sur gel.

Le check était hautement spécifique et aucune réactivité croisée n’a été observée avec d’autres espèces d’  Avibacterium  et une gamme d’autres brokers pathogènes viraux et bactériens respiratoires courants chez les volailles . Les assessments PCR en temps réel sur 419 échantillons cliniques provenant de troupeaux suspects ont donné 94 positifs et 365 négatifs en accord avec la détection diagnostique basée sur la tradition bactérienne. Nous avons également comparé le  check  PCR recN avec un précédent   check PCR en temps réel basé sur HPG-2 qui a montré une efficacité PCR de 79 %.

Gelijktijdige detectie en differiatie van klinisch pertinentee recidiverende koorts  Borrelia  rencontré PCR semi-multiplexe en temps réel

 

Les maladies bactériennes à transmission vectorielle, y compris les   espèces de Borrelia , présentent un défi diagnostique, clinique et de santé publique essential en raison de leurs symptômes qui se chevauchent et de l’étendue des brokers responsables et des arthropodes vecteurs. Les borreliae de la fièvre récurrente (RF) englobent à la fois des brokers pathogènes établis et émergents et sont transmis à l’homme par les tiques molles, les tiques dures ou les poux. Nous avons développé un check PCR semi-multiplexe en temps réel qui détecte plusieurs borrélies RF causant des maladies humaines et les classe dans l’un des trois groupes. Les groupes sont basés sur la similitude génétique et comprennent des brokers de la fièvre récurrente à tiques molles ( B. hermsii  et autres), le pathogène émergent transmis par les tiques dures  B. miyamotoi, et l’agent de la fièvre récurrente à poux B. recurrentis)  Le check PCR en temps réel utilise une seule paire d’amorces conçue pour amplifier tous les borreliae RF pathogènes connus, et plusieurs sondes TaqMan pour permettre la détection et la différenciation entre les trois groupes .

Le check détecte tous les borreliae RF testés avec une limite analytique de détection inférieure à 15 équivalents génomiques par réaction. Trente isolats de RF borreliae englobant six espèces ont été identifiés avec précision. Trente-neuf des 41 échantillons résiduels (sang complete EDTA , sérum ou plasma) de sufferers atteints de FR ont été détectés et correctement classés. Aucun des 42 échantillons cliniques provenant de sufferers atteints d’autres infections et des 46 échantillons de tradition provenant de bactéries non RF n’a été détecté. Le développement d’une approche PCR en temps réel avec un seul check contribuera à améliorer le diagnostic de la RF en simplifiant la sélection des assessments pour faciliter la prise en cost clinique des sufferers atteints de RF gravement malades.

Overlevingsanalyse van de tijd tot SARS-CoV-2 PCR-negativering om PCR-recept bij gezondheidswerkers te optimaliseren: de Henares COVID-19-cohortstudie voor gezondheidswerkers

Objectifs :  La PCR à transcriptase inverse (RT-PCR) est considérée comme l’étalon-or pour le diagnostic de COVID-19. Les travailleurs de la santé infectés ne retournent pas au travail tant que la RT-PCR n’a pas démontré que le virus n’est plus présent dans les voies respiratoires supérieures. Le however de cette étude est de déterminer le second le plus efficace pour effectuer la RT-PCR avant la réintégration des travailleurs de la santé.

Matériels et méthodes :  Il s’agit d’une étude de cohorte de travailleurs de la santé atteints de COVID-19 confirmé par RT-PCR . Les données ont été recueillies à l’aide des dossiers médicaux des travailleurs de la santé et complétées par un entretien téléphonique. Les courbes de Kaplan-Meier ont été utilisées pour déterminer l’affect de plusieurs variables sur le délai de négativisation par RT-PCR. L’impression des variables sur la survie a été évalué à l’aide du check de Breslow. Un modèle de régression de Cox a été développé incluant les variables associées.

Résultats :  159 sujets avec une RT-PCR optimistic sur 374 travailleurs suspectés de COVID-19 ont été inclus. Le délai médian jusqu’à la négativisation était de 25 jours à compter de l’apparition des symptômes (IQR 20-35 jours). La présence d’IgG, la dyspnée, la toux et les maux de gorge étaient associés à un délai significativement plus lengthy jusqu’à la négativisation. La régression logistique de Cox a été utilisée pour ajuster les variables confusionnelles. Seules la dyspnée et la toux sont restées dans le modèle en tant que déterminants significatifs du temps de négativisation prolongé. Les HR ajustés étaient de 0,68 (0,48-096) pour la dyspnée et de 0,61 (0,42-0,88) pour la toux sèche.

Conclusions : la  RT-PCR au cours des Three premières semaines conduit à un pourcentage élevé de résultats positifs. En présence de symptômes respiratoires, la négativisation a pris près d’une semaine de plus. Ceux qui ont développé des anticorps ont eu besoin de plus de temps pour négativiser.

 

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